No existe conflicto entre los distintos controles que el Consejo de Educación Superior y la Contraloría General del Estado realizan sobre las instituciones de educación superior.

La Corte Constitucional desestimó una acción de inconstitucionalidad presentada contra el artículo 161 de la Ley Orgánica de Educación Superior, que se refiere al carácter no lucrativo de las instituciones de educación superior y a la presentación de un informe anual de auditoría externa ante el Consejo de Educación Superior. 

La Corte señaló que, la norma impugnada no es contraria a los artículos 211 y 212.1 de la Constitución, pues el disponer que las instituciones de educación superior presenten anualmente al Consejo de Educación Superior un informe de auditoría externa, no se contrapone con las funciones de control atribuidas a la Contraloría General del Estado. Al contrario, se refuerza dicho control ya que complementa el sistema de fiscalización pública pues permite contar con una revisión adicional que valida la transparencia y la correcta utilización de los recursos públicos.

La Corte precisó que el control ejercido por el Consejo de Educación Superior está orientado a verificar que las actividades realizadas por las instituciones de educación superior (IES) tanto públicas como privadas, estén vinculadas al proceso académico y a su carácter no lucrativo. Por lo cual, su función es la de controlar que las IES destinen los excedentes generados al fortalecimiento de su patrimonio institucional, en cumplimiento del principio de autonomía responsable. Mientras que el control que ejerce la Contraloría General del Estado está destinado a garantizar la correcta administración de fondos públicos y que su gestión sea eficiente, transparente y ajustada a la normativa aplicable al sector público.